首先需要與細菌性痢疾鑒別，細菌性痢疾表現(xiàn)為早期的高熱，有粘液、膿血便，伴有痢疾厚重感，在便常規(guī)時，可以發(fā)現(xiàn)大量的膿細胞，查體時腹部沒有包括，B超也沒有典型的影像表現(xiàn)。但偶爾腹瀉時可以引起腸套疊。
急性壞死性小腸炎相鑒別，以腹瀉為主，大便呈洗肉水樣或者紅色的果醬樣，有特殊的腥臭氣味，可以出現(xiàn)高熱、嘔吐頻繁、明顯腹脹，嚴重者，吐咖啡樣物，學生的情況比較嚴重。
過敏性紫癲也要進行鑒別，表現(xiàn)為陣發(fā)性的腹痛以及嘔吐、可以有腹瀉或者便血，有時因腸管水腫出血而增厚，可以在右下腹觸及腫塊，在雙下肢可以表現(xiàn)為出血性皮疹、膝關節(jié)和踝關節(jié)腫痛等。
部分病例可以有血尿，腹型紫癜可以伴發(fā)腸套疊，做b超或者空氣灌腸檢查，可以協(xié)助診斷。
美克出血相鑒別，血量往往很多，嚴重者可以出現(xiàn)休克，在出血時并沒有腹痛，僅有輕微的腹痛，但是美克其實也可以引發(fā)腸套疊，多在手術中發(fā)現(xiàn)。
蛔蟲性腸梗阻，多見于幼兒、兒童，表現(xiàn)為陣發(fā)性腹痛、嘔吐，有便蛔蟲時，腹部包塊在其中，成條索狀或者面粉團顏值可變形，還可以顯示長相那會種影像。
與智商脫水相鑒別，因為晚套入疊他的套入部，可以通過整個結腸有肛門脫出，容易誤診為直腸脫垂。
