因為心肌炎毒感染往往與細菌感染同時存在或是相繼發生,而且細菌感染常常可使病毒活躍,機體抵抗力降低心臟損害加重,所以適當的應用抗生素及時控制細菌感染十分必要。對于一些易感染的病人比如扁桃體反復發炎的患者,必要使可進行扁桃體摘除術,以去除誘因或是注射轉移因子丙種球蛋白等,增強機體抵抗力防止復發。
心肌炎的并發癥包括心力衰竭,心律失常甚至休克,對于這些并發癥應及時處理,在病毒急性感染的最初十天內,應避免使用激素以免造成病毒擴散病情惡化。近些年來用一些中西醫結合的治療比如黃芪,金銀花,輔酶Q10,肌酐等等,有抗病毒調節免疫的功能,對于心肌炎的治療有一定的療效。