正確的氣管插管是灌洗成功的首要因素，需要仔細檢查并確保雙肺被完全分離，應該用支氣管鏡進行確認，這個非常重要，單側的肺通氣，則不通氣的一側肺應當沒有呼吸音，開口處細線處無擺動進一步證明了無氣流的存在，對側的肺應行相應的檢查，確保兩肺分割良好。
一般而言灌洗首先選擇病變嚴重的一側肺進行，灌洗前需要先單肺的通氣，先用百分之百的純氧通氣至少二十分鐘，將治療的肺在吸氣膜隔離起來，在灌洗側氣管插管口接一個三通接頭，分別連接預熱的生理鹽水和負壓吸引器，開啟振蕩器，排出灌洗側肺內的氣體后，可注入溫的生理鹽水，每次灌入約五百到一千毫升左右。
一般根據生理鹽水瓶的高度位置調節灌注壓力，一般為30厘米左右，每次灌洗后用振蕩器振蕩以利于沉積的蛋白物質溶解并排出，隨后需要開啟負壓吸引器盡量的排出。
每次灌洗后后應該以支氣管鏡吸完殘余的液體，并檢查氣管插管的位置是否移位，每次灌洗后回收液體量的丟失不應超過150到兩百毫升，應該仔細記錄每次出量，如果丟失的過多或者大于兩百毫升，應該警惕液體流入另一側肺，必要的時候可給予適當的利尿，如血流動力學及血氧飽和度的穩定，可持續灌洗直至灌洗液有牛奶樣渾濁的液體逐漸變為清尿為止。
