一般來說在臨床上微小的腔隙性腦梗塞由于一些小動脈壁發生脂質透明變性所導致的,而較大的腔隙性腦梗死為大一點的動脈粥樣硬化或血栓形成所導致的,可以由脫落的或者是破碎的動脈粥樣硬化斑塊形成的微小栓子栓塞或由變性的動脈破裂出血所導致的。
或者是由于小灶出血,紅細胞被破壞,小血腫被吸收,受損組織逐漸被清除,有膠質細胞,膠質纖維或膠原纖維所代替,從而形成瘢痕小出血灶可完全修復。稍大一點的出血灶常遺留囊腔,小灶的出血與梗死遺留的囊腔在顯微鏡下或肉眼觀察腦標本時可見不同,但是在顱腦ct核磁共振檢查成像時卻難以區分。