本病一般見于中青年，女性稍多于男性。
（一）腹痛
多位于右下腹或臍周，間歇性發作，常為痙攣性陣痛伴腹鳴，于進餐后加重，排便或肛門排氣后緩解。腹痛的發生可能與進餐引起胃腸反射或腸內容物通過炎癥、狹窄腸段，引起局部腸痙攣有關。體檢常有腹部壓痛，部位多在右下腹。腹痛亦可由部分或完全性腸梗阻引起，此時伴有其他腸梗阻癥狀。
（二）腹瀉與便秘
腹瀉是潰瘍型腸結核的主要臨床表現之一。排便次數因病變嚴重程度和范圍不同而異，一般每日2～4次，重者每日達10余次。糞便呈糊樣，一般不含膿血，不伴有里急后重。有時患者會出現腹瀉與便秘交替，這與病變引起的胃腸功能紊亂有關。增生型腸結核可以便秘為主要表現。
（三）腹部腫塊
腹部腫塊常位于右下腹，一般比較固定，中等質地，伴有輕度或中度壓痛。腹部腫塊主要見于增生型腸結核，也可見于潰瘍型腸結核，病變腸段和周圍組織粘連，或同時有腸系膜淋巴結結核。
（四）全身癥狀和腸外結核表現
結核毒血癥狀多見于潰瘍型腸結核，表現為不同熱型的長期發熱，伴有盜汗。患者倦怠、消瘦、貧血，隨病程發展而出現維生素缺乏等營養不良的表現。可同時有腸外結核特別是活動性肺結核的臨床表現。增生型腸結核病程較長，全身情況一般較好，無發熱或有時低熱。
