早期診斷和治療是降低腦炎病死率的最主要的關鍵因素，主要包括抗病毒治療以及免疫治療和對癥支持治療。
第一個是抗病毒治療。目前常用的抗病毒治療包括阿昔洛韋，首選的藥物治療是一種鳥嘌呤衍生物，能抑制病毒DNA的合成。廣譜抗病毒的藥物對于常見的腦炎，單純皰疹病毒腦炎有強烈的抑制作用，對于水痘帶狀皰疹病毒也有抑制作用，對于巨細胞病毒的抑制作用相對較弱。阿昔洛韋可以透過血腦屏障腦積液中的藥物濃度為50%，當臨床上提示為單純皰疹病毒感染或者是不能排除單純皰疹病毒腦炎時，可以應該立即給予阿昔洛韋治療，不應該等待結果而延誤用藥，過程中一定要注意觀察阿昔洛韋的副作用。
如果發現患者是巨細胞病毒性腦炎的時候，可以使用更昔洛韋，因為對阿昔洛韋不是非常敏感。再就是更昔洛韋的治療，可以增強抑制病毒DNA合成的作用，更昔洛韋對阿昔洛韋耐藥的皰疹病毒比較敏感，對巨細胞病毒有強烈的抑制作用的，主要不良反應也是腎功能和骨髓抑制。
第二個主要的治療包括腎上腺皮質激素的應用。對應用糖皮質激素的治療應該有異議，但是也沒有確切的依據支持所有單純皰疹病毒均應該使用糖皮質激素的理論，但是從理論上來講糖皮質激素可以抑制神經炎癥反應而獲益，但同時會加劇中樞神經系統感染而加重病情。但對嚴重的腦水腫，不是腰椎穿刺患者可酌情使用，對高熱、抽搐、精神癥狀和顱內壓增高的，可以給予分別降溫，鎮靜及脫水降顱壓等等的治療。
其他的，比如昏迷，水電解質紊亂的時候可以進行相關的治療以及包括其他的合并癥的，比如改善呼吸道和泌尿道感染的相關治療。
