氯喹主要用于瘧疾的治療，也可用作阿米巴藥物。對某些免疫性疾病如風濕性的關節(jié)炎、紅斑狼瘡、腎病綜合癥等也有一定的作用。
不良反應主要有用于治療瘧疾時有可能會發(fā)生頭昏、頭痛、眼花、食欲減退、惡心嘔吐、腹痛腹瀉、皮膚瘙癢、皮疹、耳鳴煩躁等。反應一般比較輕，停藥后一般會自行消失。
治療肺吸蟲病、華支睪吸蟲病以及結締組織疾病時，由于用藥量比較大，療程也比較長，可能會有較重的反應。如可以導致淚腺分泌，在角膜上出現(xiàn)彌漫性的白色顆粒，一般停藥后會消失。對于華支睪吸蟲病的不良反應會有視網(wǎng)膜聚集，久服可致視網(wǎng)膜輕度的水腫和色素聚集，出現(xiàn)暗點影響視力，這種反應一般是不可逆的。
氯喹還可損害聽力，妊娠婦女大量服用可造成小兒先天性的耳聾、智力遲鈍等。
氯喹偶而還可引起竇房結的抑制，導致心律失常，休克嚴重的時候會發(fā)生阿斯綜合癥而導致死亡。
還可以導致藥物性的精神病，白細胞減少、紫癜、皮疹、皮炎、光敏性皮炎以及剝脫性的皮炎、牛皮癬，使毛發(fā)變白、脫毛、神經(jīng)肌肉痛等等。還有溶血、可逆性的粒細胞缺乏癥、血小板減少等。但是一般比較罕見。
