腎積水的原因分為先天性和后天性兩類。
第一，先天性梗阻病因，階段性的無功能是由于腎盂、輸尿管交界處或上段輸尿管階段性的肌肉缺如，發育不全或者是解剖結構紊亂，影響了此段輸尿管的正常蠕動，造成動力性梗阻。
第二，內在輸尿管狹窄，大多發生在腎盂、輸尿管交界處，狹窄段通常為1到2毫米，也可長達1到3厘米產生不完全梗阻和繼發性扭曲，造成腎積水。
第三，輸尿管扭曲黏連，此為先天性也可能為后天獲得性，常發生在腎盂輸尿管交界處，輸尿管腰段，兒童與嬰兒幾乎占三分之二。
第四，異位血管壓迫，異位血管壓迫于腎盂輸尿管交界處的前方，會引起腎積水。
第五，輸尿管高位開口可以是先天性的，也可以因腎盂周圍纖維化或者是膀胱輸尿管回流等無癥狀腎盂擴張導致腎盂輸尿管交接部位相對向上遷移，可引發腎積水。
第六，其他先天性輸尿管異位、囊腫或者是雙輸尿管等可引起腎積水。
后天獲得性梗阻也可引起腎積水，如炎癥，缺血，膀胱回流造成的輸尿管扭曲，腎盂與輸尿管的腫瘤、息肉型生物，異位腎臟，腎臟結石和外傷后引起的瘢痕狹窄均會造成腎積水。外來的原因也會造成腎積水，包括動脈靜脈病灶，女性生殖系統病變，盆腔腫瘤炎癥，胃腸道病變等，腹膜后病變均會造成梗阻引起腎積水。另外下尿路的各種疾病造成的梗阻，如前列腺增生，膀胱攣縮，尿道狹窄，腫瘤，結石，甚至于包莖等均會造成腎積水。
