引起結腸炎的原因有很多種，比如一些自身免疫反應，感染、遺傳，還有一些神經因素等等，那么多數的學者認為本病它屬于自身免疫性疾病，因為本病并發自身免疫病較多，腎上腺的皮質激素能夠使病情緩解，在部分患者的血清中也是可以查到抗結腸上皮細胞的抗體，所以認為本病的發生可能會與自身免疫反應有關。
感染因素本病的病理變化和臨床表現，與一些結腸感染性疾病相似，因而有些人認為感染是本病的病因，在細菌、真菌和病毒等多種因素中，目前的研究表明病毒的可能性會比較大一些。
遺傳因素，本病的血緣家庭發病率較高，根據國外文獻統計，潰瘍性結腸炎的病人，他的直系血緣親屬中，約有15%到30%的人發病，此外雙胞胎的研究表明，單核子比雙核子更加的容易發病，也就是說本病的發生，它還會可能與一些遺傳的因素有關，有人認為精神因素在發病中起一定作用，患者多有某些的性格特征。
對于生活中的重大事件的心理承受能力和適應性差，它屬于心身疾病的一類，心身疾病強調心理因素在疾病的發生或者是病程中起重要作用，有人也是將幾種疾病列為身心疾病，比如哮喘、類風濕性關節炎、潰瘍性結腸炎、原發現高血壓、神經性皮炎、甲狀腺功能亢進和十二指腸潰瘍等等。
目前，可能有更多疾病被列為身心疾病，那么結腸炎的患者，一定要注意，保持良好的情緒，要避免感染，在飲食上也要注意飲食的衛生。
