慢性再生障礙性貧血的治療是以藥物治療為主,一般來說經過積極的治療,多數的患者可以獲得緩解,經常使用的藥物包括微量元素類的藥物,比如說氯化鈷,可以刺激腎臟增加紅細胞生成素的產生,也可以使用免疫調節劑左旋咪唑,腎上腺皮質激素,雄性激素類的藥物常用的包括丙酸睪丸酮或者是康力龍等。
除了以上經常使用的藥物之外,環孢素也是經常使用的治療慢性再生障礙性貧血的藥物,一般來說用環孢素治療慢性的再生障礙性貧血百分之70到80%的患者可以獲得緩解,還可以使用莨菪堿類的藥物,可以解除骨髓微環境的血管痙攣,調整其血流灌注,從而可以改善造血的微環境。