腎結石的形成過程是某些因素造成尿液中成石物質濃度升高或溶解度降低，呈過飽和狀態，析出結晶并在局部生長聚集，最終形成了腎結石，其中的幾個病因包括代謝異常，局部的解剖異常，還有相關的藥物引起的。
尿路結石大多數是由人體代謝產物構成的，不同成分的結石可以反映出體內相應成分的代謝異常，尿液中常見的結石成分包括鈣，草酸，尿酸和胱氨酸等，任何身體紊亂造成成分異常都有可能啟動結石形成或者促進結石的生長。
局部因素是指由于尿路系統的局部因素所造成的結石，都是在其它病變基礎上形成的，包括泌尿系梗阻，泌尿系感染這些因素，梗阻可以導致感染和結石的形成，而結石本身也是尿路中的異物，會加重梗阻和感染的程度。
當然，還有一些誘發因素，包括天氣因素，飲食因素等等，氣候可以直接或間接誘發結石形成，夏季是發病高峰，排汗和呼吸丟失的水分增加，使得尿液濃縮，其次是日照時間延長，人體合成一二十五雙羥維生素D增加，體內鈣的含量增加，尿鈣的排泄增高也容易形成結石，當水分攝入不足可使尿液濃縮，過量食用動物蛋白，鈉，鈣，長期低鎂飲食都會增加腎結石的形成的風險，山區飲用水未凈化，含較多的礦物質也可能會增加成石的風險，這些都是結石形成的一些因素。
