呼吸科看的病種主要是以呼吸系統疾病為基礎,例如首先對呼吸系統疾病的癥狀進行相應的鑒別和治療,通常以咳嗽、咯血、胸悶、胸痛和呼吸困難的癥狀進行診治。此時對系統性疾病的進行相應的診治,例如氣道阻塞性疾病(支氣管哮喘、慢阻肺、支氣管擴張)、肺部感染、系統性疾病在肺部的表現、彌漫性肺部疾病以及胸膜疾病、縱膈疾病、肺血管疾病中的肺栓塞、肺心病,肺部腫瘤中的支氣管肺癌等。
呼吸系統危重癥疾病還有氣管異物、急性呼吸窘迫綜合征、呼吸衰竭等。呼吸科還可以協同其他的科室進行相應的搶救治療,特別是予以生命支持搶救治療,如使用有創呼吸機或無創呼吸機的輔助呼吸支持治療。