三叉神經痛的鑒別首先要排除繼發性的三叉神經痛,繼發性的三叉神經痛常見的疾病有多發性硬化、延髓空洞癥、原發性或者是轉移性的顱底腫瘤等。這些引起三叉神經痛的性質是持續性的疼痛,同時伴有感覺減退,一般的還會合并有其他腦神經損害的癥狀。
再就是牙痛,牙痛的通常是持續性的鈍痛,一般的局限于牙齦部,也可以會因為進冷、熱的食物加劇疼痛。舌咽神經痛的比較少見,常見于年輕的婦女,這種疼痛的只有局限于扁桃體,舌根,咽及耳道深部舌咽神經分布區。疼痛的也為陣發性疼痛,性質類似于三叉神經痛,在吞咽、講話咳嗽的時候可以誘發。